Under andre verdenskrig sperret tyskerne av basseng V og VI i Østhavna for å benytte området til militære formål. Hensikten var at Trondheim skulle fungere som marinebase for Nord-Atlanteren. Ved hjelp av slavearbeidere fra okkuperte land ble de to ubåtbunkerne Dora I og II oppført. Navnet Dora kommer av tysk Drontheim for Trondheim.
Rundt bunkeren er det skytterganger og mindre bunkere, det ble bygget bunkere, torpedolager, og tilfluktsrom langs hele Østhavna og på Ladehammeren som en del av det militære anlegget. Mellom Dora I og Dora II ble det bygget en mindre bunker. Denne inneholdt dampdrevet nødaggregat, og skulle forsyne bunkerne med strøm i tilfelle krise. I tillegg til disse anleggene ble det oppført forlegningsleir på Persaunet og et offiserboligområde i Sjøveien.
Bunkernes grunnflate er 100X168 meter, og hver av bunkerne inneholdt opprinnelig to store og to mindre dokker med samlet plass til 8 ubåter. I tillegg til ubåtene hadde anlegget plass til rundt 200 000 personer. Dora 1 ble påbegynt i mai 1941og ferdigstilt i juni 43 av den tyske okkupasjonsmakten. Veggene er bygd i betong og er 3 meter tykke. Overbygget er 3,5 meter tykt og er armert av blåe jernplater. Dora 2 ble aldri ferdigstilt. Dora II ble kun halvveis ferdig innen utgangen av krigen.
Dora-anlegget var mål for alliert flyangrep i 1943, hvor 41 bombefly deltok. Ubåtbunkerne ble ikke skadet. Etter krigen var planen at Dora skulle sprenges, men dette ville kreve så store mengder dynamitt at det ikke lot seg gjøre uten å gjøre skade på omliggende byområder. Dette førte til at anlegget ble stående.
Dora I ble en tid etter krigen brukt av forsvaret. I dag benyttes den blant annet som by- og statsarkiv og lagerbygning. Dora II ble overtatt av Trondheim havn etter krigen, og man fylte igjen den ene dokken og sprengte bort indre skillevegger mellom dokkene i 1947-48. Siden har Dora II vært sentrum for havnevesenets daglige drift.