På verftsområdet innenfor festningsverket er alle bygninger oppført før 1851, da marinen flyttet til Karljohansvern. Bebyggelsen har militær opprinnelse og er, sammen med barakkene utenfor festningsverkene, en bygningstype som er forskjellig fra bybebyggelsen for øvrig.
Fredriksvern Verft ligger innenfor vollmurene og er anlagt etter modell av flåtebasen Holmen i København. Verftet med befestninger sto ferdig 1791. Det ble bygget med sikker sans for rokokkoperiodens arkitekturidealer. Alle bygninger var oppført før marinen flyttet sin hovedstasjon til Horten i 1851. Verftet er sommeren 2009 under fredning.
Innenfor delområde Fredriksvern Verft ligger også sjømennenes minnehall fra 1923, som er fredet, samt Soldathjemmet ”Soldatenheim Stavern” fra 1942, som vil bli foreslått fredet sammen med sitt parkmessige forterreng ned mot sjøen. Soldathjemmet er en av få gjenværende eksponenter fra den engang omfattende tyske bebyggelsen fra samme periode på Fredriksvern. Samtidig er det en av meget få velbevarte velferdsbygg fra krigstiden.