Eldste omtale av kirken er ved sognet i 1468 (Halm øø sokn, DN I:884). I 1597 het det at “Fladanger Kirke staaer paa en omflydt Øe, som kaldes Halmø, og ligger der ikkun en liden Bondegaard paa den samme Øe, kaldet Halmø”. Schøning noterte i 1774 (II:162): “Paa en af dem, Halmøy kaldet, staaer den anden Fosnæs-Giælds Annex-Kirke. Denne Kirke er, ved Lynild, for nylig siden afbrændt, men af dens Eier, oftbemeldte Hr. Lieut. Lund, vel og solid igien opbygd”. Kirken gjennomgikk store reparasjoner både i 1687, 1703 og 1724, sist gang etter store skader på grunn av lynnedslag. Ved reparasjonene i 1703 ble det samtidig bygd nytt beinhus (ossuarium) ved kirken, og i 1732 ble den betraktelig utvidet i forbindelse med reparasjonene etter lynnedslaget. I 1773 slo lynet ned igjen og kirken brant ned til grunnen. Ny kirke sto ferdig på samme sted i 1779.