I sørfløyen er det et portrom som fører fra Munkegata til gårdsrommet. Etter at staten ble eier i 1800, ble sørfløyen ombygget allerede før 1803. Det ble innredet fjøs, stall, vognremisse og vedskur i 1. etasje. I 1826 fantes det i 2. etasje en bolig på syv rom. Fra 1857 ble det innført en ordning med tilsynsmann for Stiftsgården. Leiligheten i sørfløyens 2. etasje stod til disposisjon for tilsynsmannen.