Sikringssone er definert i kulturminnelovens § 6 og beskrives på følgende vis: «Med til et automatisk fredet kulturminne som nevnt i § 4, hører et område rundt dets synlige eller kjente ytterkant så langt det er nødvendig for å verne det mot tiltak som nevnt i § 3 første ledd. Området fastsettes særskilt av vedkommende myndighet etter loven.»
Sikringssonen skal beskytte det automatisk fredete kulturminnets integritet og plassering i landskapet, samt hindre inngrep og utilbørlig skjemming som nevnt i kml. § 3 første ledd. Sikringssonen er en sentral størrelse når man skal vurdere spørsmål om dispensasjon.
Vardøs gamle bygrunn er Nord-Norges eneste gamle bygrunn. Her er gjennom tidene gjort mange funn, som førte til at Povl Simonsen foretok en utgravning i 1958. Hans konklusjon var at "ca. 1450 har det ihvertfall vært en bebyggelse og denne har hatt absolutt bymessig karakter allerede ca. 1530". Hele området har tykke kulturlag med bygningsrester, noen steder 1-2 m tykke, andre steder 4-5 m. Det tykkeste og rikeste kulturlag finnes mellom Brodtkorpgaten og Kirkegaten. Nord for Kirkegaten er lagene tynnere og av yngredato. Det har vært gjort utallige funn i området, spesielt i forbindelse med gjenoppbygningen etter krigen. Foruten at disse peker på en bebyggelse fra ca. 1450 av, er også funnene tilbake til 1500 desidert norske.
Funn fra Tromsø museums utgravning i 2012: Ts.13754
2024: Kommunen grov opp Kristian 4. gate fra Brodtkorbs gate til Tingstugata og forstyrret en rekke bevarte horisonter på hver side av gateløpet. Massene, rundt 2000 tonn, ble dumpet på Engelsvika. Disse massene inneholdt tonnevis av bosetningsspor. Funnene herfra inkluderer kanonkule av sandstein (ca. 5 cm), tilskåret hvalrosstann preparert for videreforedling, spillebrikke av hvalbein, uferdig spillebrikke av hvalrosstann preparert som den tilskårne tanna, masse keramikk, bl.a. flere stykker Rhingods fra slutten av 1500-tallet, trankole av kleberstein, mange hvalbein (naturlig og behandlet/tilskåret), gammelt glass, gulvfliser (dekorerte og udekorerte) og klinknagler. Stratigrafier ble datert ved C14 og var relativt konsistente fra 1650 (1 m under asfalten) til 600-tallet (2,5 m under asfalten), med bylagene datert rundt 1250-1300. Et av lagene viste opphør av bosetningen i området ved flyvesand, og dette virket til å samsvare med Svartedauden.
2026: Ifølge Stephen Wickler ved marinarkeologisk enhet på UiT skal strandlinja langs vågen ha blitt befart i 2020 med konklusjonen "ingen tegn til løsfunn, kulturlag eller strukturer som tilhører den gamle bygrunn befart i fjæresonen langs strekningen innenfor dagens kulturminnegrense". Lokalitetsgeometrien trekkes derfor inn til å samsvare med flomålet.