Det fortifiserte orlogsverftet sto ferdig i 1758, og ble etter 1814 hovedstasjon for den norske flåten. Anlegget er imidlertid langt mindre omfattende enn for eksempel festningene langs svenskegrensen, men fremstår som et av de best og mest helhetlig bevarte militære anlegg fra barokken i Danmark-Norge. En rekke elementer fra den opprinnelige utbyggingen er bevart, og senere tilføyelser er bare i begrenset omfang oppført innenfor murene.
Fredriksvern verft bestod opprinnelig av en befestet del og en sivil del (barakkene, torvet og kirken) i tilknytning til Stavern by. Den befestede delen av Fredriksvern verft er anlagt på et flatt område som avgrenses av sjøen mot øst og av vollene mot land. Anlegget omfatter ialt 26 bygninger, hvorav 16 er fra 1700-tallet. Festningsanlegget på landsiden fremstår i det vesentligste slik det gjorde ved ferdigstillelsen i 1758: Landfronten utgjøres av en tenaljert linje som går over i et sagtakket verk.
En karakteristikk av Fredriksvern kommer ikke utenom anleggets danske tilsnitt. Spesielt hefter det danske preget ved murbygningene, som med sine hvitkalkede vegger og høye valmtak har klare motsvarigheter i nabolandet. Det danske preg er ikke bare stilistisk, men gir seg også konstruktive utslag: Vi finner en utstrakt bruk av utmurt bindingsverk .
Mens den opprinnelige murbebyggelsen ved verftet langt på vei er intakt, er den eldre trebebyggelsen blitt ganske kraftig desimert. Allikevel er endel bygninger i behold, ikke minst gjelder det rekken av fem såkalte galeiskur (0012–0016), som skal være oppført i 1766–77 til lagring av galeier med utstyr.
Stavern fort, eller Citadellet som det også kalles, ligger på Citadelløya midt i en krans av øyer og holmer ved utløpet av Larviksfjorden. Citadellet ble anlagt i 1685 for å sikre krigs- og konvoieringshavnen Stavern under Gyldenløvefeiden (1676-79). Citadellet ble senere, i 1751, en del av Fredriksvern verft i Stavern.