Gjøvik gård er nevnt i skriftlige kilder fra 1432. I 1804 ble eiendommen kjøpt opp av Caspar Kauffeldt som var forvalter for Biri Glassverk, og det ble etablert et omfattende kanalsystem for å få drivkraft til bl.a. møller, sag, garveri, pukkverk og glassliperi. Kauffeldt sikret seg strandlinjen mot Mjøsa og områdene på begge sider av Hunnselva. På gården Hunn på den nordre siden oppførte han et glassverk med glasshytte og arbeiderboliger som sto ferdig i 1807. I 1810 ble anlegget på Gjøvik gård oppført som residens for glassverkseieren. Gjøvik gård med bygninger og park var enestående i sin tid i regionen.
Etter at sønnen til Caspar Kauffeldt døde i 1860, ble gården solgt på auksjon til stadskontrollør og agronom Niels Hansen, gift med Augusta Mjøen. Deres sønn Alf Mjøen, oberst og senere generalkrigskommissær, overtok gården i 1894. Fra 1867 til 1911 var Gjøvik gård skysstasjon.
Alf Mjøen var ordfører fra 1902 til 1904 og senere stortingsrepresentant for Det radikale folkeparti i flere perioder. I Mjøens tid var det stor selskapelighet med kjente kvinner og menn fra norsk ånds- og kulturliv på gården. I 1952 testamenterte Mjøen eiendommen Nedre Gjøvik gård til Gjøvik kommune. Mjøen ønsket at gården skulle fortsette å være et kultursentrum slik den hadde vært i hans egen og foreldrenes tid.
Gjøvik kommune overtok eiendommen etter Mjøens død i 1956. Innlandsutstillingen, som markerte 100-årsjubileet til Gjøvik by, medførte en del endringer for utomhusanlegget. I forbindelse med bygging av nytt rådhus i 1980 ble elva flyttet nærmere Gjøvik gård. Siden 1996 har Gjøvik gård vært administrert av Gjøvik historiske samlinger, nå Mjøsmuseet AS.
Mange av de eldre eller opprinnelige elementene finnes fortsatt på Gjøvik gård og noen er gjenskapt ved restaurering de siste årene. Ulike epoker i anleggets historie er godt representert. Historien er dokumentert i Heidi Froknestads rapport "Hage og park på Gjøvik gård. 200 års utvikling" fra 2004.
Anlegget er i dag interessant som en del av Norges glassverks historie og historien rundt etableringen og utviklingen av Gjøvik by. Hovedbygningen fra 1810 er av de første empirebygningene i landet, med en flott inngangsportal i Louis-Seize stil. Konstruksjonen i utmurt bindingsverk var sjelden og viser påvirkning fra Europa. Gjøvik gård ble et forbilde for bygdene rundt både mht. byggeskikk og hage. Den utgjorde et novasjonsområde, et kraft- og inspirasjonssenter.