Lokalisering av det middelalderske kirkestedet er uavklart. Ifølge P.A. Munch og med ham Rygh (NG 99) skal et navn i Bergens Kalvskinn (Broðe) tolkes som at Bjoa (gnr. 54/45) på 1300-tallet var kirkested, og at kirken sto på samme sted som den nåværende. En nyere utgave av jordeboka (Halvorsen & al 1989) har ikke denne tolkningen. Bjoa kirkes inntekter er ikke ført i BK, trolig fordi siden der de skulle stått mangler. Ifølge lokal tradisjon finnes det to mulige lokaliteter for kirken på (gnr. 55) Innbjoa, begge i en avstand av 150-200 m fra nåværede kirke bygd 1895. Det ene stedet er på bnr. 10 ca. 200 m øst for kirken, da det her tidligere fantes en 12 m lang rest av en grunnmur med rettvinklet avslutning. Ifølge sagnet skulle det her ha stått et kloster, etter en annen versjon en kirke (Bendixen 1904:263). Den andre mulige lokaliteten er på bnr. 4, om lag 150 m sørsørøst for kirken (kilde: en mann født 1890). Begge lokaliteter ser ut til å ha vært nær ved de gamle tunene på Innbjoa (Buckholm 1998:29f). Trolig er det den siste lokaliteten hvor kirken sto, da Bendixens grunnmur vel så gjerne kan være rester av grunnmuren for et herberge (se nedenfor). I strandkanten ned for tunet på (54/6) ligger to gravfelt, og mellom disse heter det Laberget. Nær grensen mellom gårdene Innbjoa og Utbjoa ligger et fjell kalt Kyrkja, men navnet bør i dette tilfellet henspeile på fjellets formlikhet med en kirke. Rett ned/ut for Kyrkja, på et lite nes ut i fjorden, er på teigen 54/21 på ØK avmerket en gravplass. Dette er en kolerakirkegård – Vedvika kyrkjegard, og som ble benyttet som regulær kirkegård fram til gravplassen ved nåværende kirke på Innbjoa ble etablert i 1912. Det er uvisst når den ble opprettet. Ifølge tradisjonen skal det være lagt ned koleraoffer på utsiden av gravplassens sørvestre hjørne (NK 141). Gården var, udelt med Utbjoa, høvdingsete i vikingtid, og en av disse var morfar til Olav Tryggvason (Tvedt 1986:186). (Kildegjennomgang til registrering av middelalderkirkesteder av NIKU ved Jan Brendalsmo, RA sak 06/02235-21 - oppdatert tekst 2016)