Kirkestedene på Heistad har en komplisert historie. Den kirken som her er kalt Heistad 1 sto på Nordre Prestgard, drøyt 2 km nordvest for dagens kirke. Heidal 2 sto på Bjølstad, 2,5 km nordvest for dagens kirke. Den gjenreiste del av stavkirken fra Bjølstad syd for dagens Heistad kirke står altså ikke på opprinnelig sted. Lokaliseringen av den første middelalderkirken på Nordre Prestgard er uavklart, jf. dog ID 52409, som inneholder enkeltminne kirkegård uten nærmere avgrensing.