Lokaliseringen av kirkestedet er uavklart. Bakgrunn for grov lokalisering er dette: Kirken stod etter tradisjonen på (gnr. 127) Melbys grunn like vest for Hen-gårdene og rett sør for veien til Dingtorp. Svillsteinene var på 1700-tallet blitt benyttet til grunnmurer på Hen søndre, og på en stor stein skal det ha vært et innhogd kors ca. 3 tommer høyt, med skrå korsarm og sirkulært markerte ender (NK 60). Det har vært foreslått at en romansk tympanon som tidligere lå i en grunnmur på (111.112.117.118.119) Skjør skulle stamme fra Hen kirke, men mer sannsynlig kommer den fra den romanske ¿ senere ombygde ¿ Eidsberg kirke (Berg 2001). Steinens størrelse, ca. 2 m bred, tilsier at den har tilhørt en meget stor steinkirke. Utfra lokaltopografi, gårdsgrenseløp og navnetyper bør så vel Melby som (dagens gnr. 129. 130) Hen søndre og nordre, (128) Svenneby og (131) Krosby vestre kunne regnes til opphavsgården i tiden da kirken ble reist (jfr. NG 147). Navnet Krosby antyder et tidligere kors i friluft på gården. I 1401 ble Hen kirkes jordegods lagt til Eidsberg kirke (RB 169), hvilket sterkt antyder at kirken da ble lagt ned. Verken kirke eller sogn er nevnt i kilder yngre enn 1401. I kirkens landskyld, som ble ført i 1401, ble det ikke ført prestbol til kirken. Det lå heller ingen bygselparter i Hen til Eidsberg hovedkirkes mensa på 1570-tallet (St. 18f) og som kunne ha indikert et tidligere prestbol ved Hen kirke. I 1400 skulle biskopen under visitas ligge her [dvs. Eidsberg] ok firir kapellor iiij neter thoo hafuum wer æi mæira leghet en iij neter ok tekit vi hudir j cathedraticum (RB 565). Kapellene det gjaldt var Hen, Trømborg, Hærland, Folkenborg og Tenol.