Nåværende kirkested ligger omlag 700 m nordøst for den middelalderske kirkelokaliteten og på nordsida av Bondalselva. Hjørundfjord stavkirke 1 sto på (gnr. 144) Hustad fram til 1580-tallet (1581 alt. 1584), jf. ID 214955. Da ble kirkestedet flyttet til Sæbø etter at kirken på Hustad nær var gått med i elvebrudd pga. flom. Det ser ut til at selve kirkebygningen ble demontert etter elvebruddet og deretter flyttet til Sæbø sammen med kirkens inventar. ”På Sæbø fekk kyrkja tuft i søraustre hjørnet av noverande kyrkjegard, og tre år etter elvebrotet stod ho ferdigreist”. Ifølge vitneopptak i 1715 var kirken da et stavbygg med langskip, kor og våpenhus, og rundt kirken var det svaler. I 1711-13 ble det bygd til en korsarm i tømmer mot sør, svalene ble revet og kirken fikk utvendig panel. I 1766 ble den sådan beskrevet: ”en af Staver bestaaende Kors-Kirke, der i Længde holder 26 og i Bredde 22 Skridt, foruden Choret, som er 10 Skridt langt, og har en Tilbygning af et lide Sacristie, hvori findes nogle gamle og ubetydelige Bøger, blant andet en gammel Gradual, i hvilken Kirkens Skæbne er optegnet”. I 1880 ble nåværende kirke bygd og samme året ble stavkirken revet. (Kildegjennomgang til registrering av middelalderkirkgårder av NIKU ved Jan Brendalsmo, RA sak 06/02235-69)