Lokalisering og avgrensing av kirkestedet er uavklart, jf. dog ID 85559. Bakgrunn for grov stedsfesting er dette: ST. THOMAS. Eneste omtale av Thomaskirken i skriftlige kilder er fra vinteren 1217-1218, da det kom til en trefning mellom slittunger og baglere. Sistnevnte hærstyrke befant seg da i Tønsberg. Førstnevnte kom over fjorden til Tønsberg og gikk i land ved Skiljasteinsgrunnen og deretter «(…) opp ved Gunnarsbø. Baglarane fekk tiend om det og let blåse folket opp på Haugar om kvelden med våpen. Men da det tok til å mørkne, for mange av hærfolket oppom Tomaskyrkja og sov der om natta» (Soga om Håkon Håkonsson kap. 34). Det er ikke gjort arkeologiske observasjoner som kunne stedfeste nærmere hvor kirken sto. Antagelsene om lokalitet er derfor flere. Nicolaysen (1862-66:190), med referanse til Klüwer som i 1832 beskriver en tuft rett sør (eller sørøst?) for den søndre gravhaugen på Haugar med størrelse 16x10 alen og et tilbygg i øst på 12x19 alen (Vestfoldminne 1967:36), identifiserer tufta som en mulig kirketuft: «Denne beskrivelse passer ligefrem paa en kirke». Fischer (1942) følger Nicolaysen, mens Wienberg (1991:35) antyder at Thomaskirken kan ha vært en trekirke som gråbrødrene overtok ved etableringen i første halvdel av 1200-tallet. Brendalsmo (1994 Bilag:4) mener Thomaskirken kan ha vært gårdskirke på Gunnarsbø, og at den på 1200-tallet ble omgjort til hospitalskirke og rededisert til St. Stefan og St. Jørgen. Eriksson og Karlberg (1994:71) konkluderer med at kirketufta ikke er lokalisert. (Kildegjennomgang til registrering av middelalderkirkesteder av NIKU ved Jan Brendalsmo - ny tekst 2016)