VÆRØY (hovedkirke), gnr. 17 Nordland (Værøy sogn). Eldste omtale av kirke (Werøens kircke) og prestebol (prestegaarden) på (gnr. 1) Nordland er i 1589 (Thr.R. 84). Videre finnes bevart fra kirken en rekke inventarstykker fra 1400-tallet. Det kan se ut til at kort før 1599 ble kirken enten kraftig reparert eller nybygd. I 1750 beskrev biskop Nannestad kirken som ”en nedrig Træ-Bygning” med et ”gandske nedrig Klaake-Hus”. Kirken var på dette tidspunkt støttet opp på nordsiden med avstivende bjelker. ”Kirkegaarden er indhegnet med Steengierde af kaastelige store Steene, som dog vil legges til rette paa mange Stæder; for Kirkegaarden er ingen Port”. Kirken ble revet kort etter og i 1799 ble den gamle kirken fra Vågan, bygd 1714, satt opp på den gamle tufta. Nykirken var en langkirke i tømmer, uten tårn. Den ble for stor og kald for menighet og prest, og i årene 1828-37 ble den bygd om til den form den fortsatt har: en tømmerbygning med rektangulært skip og smalere, lavere nær kvadratisk kor, et lite sakristi i øst og en liten takrytter over skipet. Tidlig på 1880-tallet ble kirken så sterkt skadet i en storm at den måtte nyoppføres. Den ble samtidig forøket med 1/3 ved at ved at kor og sakristi ble forlenget mot øst. I 1919 ble det gjennomført større reparasjonsarbeider på bygningen (Svendsen 1916:95ff, Wolff 1942:43, Sørli 1999).
Værøy nye kirkegård ligger på nordspissen av Værøy, på grunnen til (16) Værøy prestegård. Denne nevnes 1667 og 1723 som part av Nordland (NG 354). Drøye hundre meter øst for kirkegården, på en odde, ligger prestegården på Prestholmen. I 1589 var Værøy hovedkirke med anneks på Røst, og til sistnevnte kirke skulle sognepresten dra fire ganger i året (Thr.R. 84). ”Disse tvende øer som mand kaller Werrøen og Røst, de giøre et armt fattig præstegield, som ogsaa kommer Lofotens og Vestraalens fogderi til, og ligger de saare langt udi havet. Her haver og været i gamle dage en stor og merkelig handels brug og kiøbmandskab, hvis lige ikke nogen sted haver været over all Nordland, fordi all den fisk som nu drages inde under landet, baade udi Voge [Vågan] og Skrogen [Skrova] og andensteds ved Lofotens side, han gikk til udi gamle tiid udi Røst og Verrøe, og det allerbeste fiskeri var der, og der haver været en merkelig handel, og boet saare rige mænd, som mand kand endnu see og forfare paa denne dag af den træffelige bygning og herlige huuse, som der have været opbygde med murede skorstene og andet saadant, hvilket er nu slet ødelagt, og udi grunden forfaldet og nederrevet (…) og er den samme Røst-Verrøen en stor veg sø lang, og der boer ikke mer end 30 fattige fiskere paa (…) Paa [Røst] boer henved 30 bønder, fattige fiskere” (Scönneböl 1895:193ff). I 1521 var det rundt 30 skattebetalere på Verodenn (NRJ III:197f). En østvendt rygg i Nordlandsnupen, en fjelltopp noe sør for kirken, heter Prestlihalsen. (Kildegjennomgang til registrering av middelalderkirkegårder av NIKU ved Jan Brendalsmo, RA sak 06/02235-81).