KJERKVÅGEN (VÅGAN), gnr. 16 Kjerkvågen (Vågan sogn). Eldste kilde til en kirke på (gnr. 16) Kjerkvågen er i 1103-1130 (kong Øystein Magnuson ”let byggje ei kyrkje nord i Vågan på Hålogaland, og la inntekter til den”, Soga om Magnussønene kap. 14), deretter i 1430 (Vagha kirkiu, DN V:597), 1432 (kirkian i Vage, AB 98) og i 1589 (Woge kircke, Thr.R. 86). Ved besiktigelse i 1666 nevnes at daværende kirkebygning kort tid i forveien hadde fått et tilbygg i laftet tømmer. Kirken hadde da korsformet grunnplan med takrytter over det nye tilbygget. Muligens kan kirken opprinnelig ha vært en langkirke med suksessivt tilbygde korsarmer i nord, vest og sør. 40 år seinere sto denne til nedfalls og nytt kirkebygg ble reist i 1713-14. I 1798 ble bygningen revet og flyttet til Værøy (”den gamle Hans Egedes kirke”) sammen med dens gamle altertavle. Biskop Nannestad beskrev i 1750 nykirken som en langkirke i tømmer og med takrytter, samt at ”Kirkegaarden er meget vel med Steengierde og Port indlukt”. Ny kirke ble bygd i 1798, en tømmerkirke med korsformet grunnplan og takrytter over korsskjæringen. Nåværende kirke er en stor langkirke i tømmer bygd 1898. Den ble reist om lag 100 m østnordøst for den eldre kirken, som sto innerst i vågen, tett ved prestegårdshusene som brant i 1873, på andre siden av veien (Haraldsø 1998:58ff, Brodahl 1932:95f, Wolff 1942:38f). Ifølge Bertelsen (1998:17f) er det sannsynlig at middelalderkirken sto der 1798-kirken sto: ”På det stedet der kirkehuset sto før Lofotkatedralen blei bygd, har vi gjort funn i jorda som tyder på at her har stått hus over lang tid uten at det er bosettingsavfall i kulturlagene. På basis av dette, holder jeg det for den mest nærliggende hypotesen at vi kan finne bygningsrester etter de tidligere kirkene på dette stedet”. Kirken som sto på Værøy på 1930-tallet sto tidligere på Vågan. Bukta/vågen ut for kirke og prestegård kalles Kjerkvågen. Navnet er kjent tilbake til 1224 i forbindelse med Våganstemna (Kirkjuvágum, Soga om Håkon Håkonsson kap. 102), og det hadde eget matrikkelnummer seinest i 1614 (Kirckevog, NG 310).
I 1589 ble Woge kircke betjent av en res.kap. på stedet, og den var da anneks under Lødingen kirke (Thr.R. 86). I 1735 ble Vågan eget sognekall (NG 308), og i 1743 var den hovedkirke med anneks på Vinje/Gimsøya (Mordt 2008:182, 190). Bukta inn/vest mot nåværende kirke heter Kjerkvågen, og rett ut/øst for denne ligger Kjerkflesa. 3-400 m nordøst for kirken ligger Klokkarmyra. I tilsvarende avstand mot nordvest ligger et lite skar kalt Kordøra. Nord for dette ligger Prestvatnet og Presthøgda. Ei stor flyttblokk, der det er hogd inn et kors, står nå i veikrysset sør på nåværende Vågan kirke, om lag 100 m fra der en eldre kirke skal ha stått. Steinen har opprinnelig stått lenger oppe i bakken (Gabrielsen 1998:43). (Kildegjennomgang til registrering av middelalderkirkegårder av NIKU ved Jan Brendalsmo, RA sak 06/02235-81).