Rugsundøya ligger innenfor den større øya Bremangelandet, på sørsiden av innløpet til Nordfjord. Selve handelsstedet ligger nær øyas østspiss, på en sørvendt plass i lé ved det nordre utløpet av det trange Rugsundet. De fredede bygningene ligger nokså samlet i sjøkanten, med unntak av "Bakeriet" som ligger et lite stykke opp i bakken mot øst.