Kongsten fort ligger på en bergknaus ca. 500 m øst for Gamlebyen/Fredrikstad festning. Byen og festningen var ett, og for at ikke eventuelle angripere skulle kunne sette seg fast på bergknausen, ble den provisorisk befestet fra 1677. I 1685 var den ytre muren ferdig, oppført etter Cicignons plan. Forbindelseslinjen mellom fortet og Gamlebyen er den såkalte dekkede vei - en i terrenget nedgravd vei beskyttet av lave voller.
Innenfor fortets murer er det fire hus: Portbygningen, provianthuset, brønnhuset og kommandantboligen.